هون، ۱۹۹۵)۸۴. ISSRها همراه با مارکرهای AFLP و RAPD در نقشه یابی ژنومهای اروپایی و ژاپنی صنوبر مورد استفاده قرار گرفتند (آرکاد و همکاران، ۲۰۰۰)۸۵. نقشه پیوستگی ژنتیکی Citrus با استفاده از ۷۵ مارکر ISSR که در طول همه گروه‌های لینکاژی گسترده شده بودند، اشباع شد. همچنین نشان داده شد که میزان انحراف تفرق ISSRها نسبت به RAPDها پایین‌تر